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認知的差分法は、認知に関するふかつ研究の支柱をなすもので1980年代に開始された。差分では、目的とする認知的要素を含むふかつ課題とこの要素以外の全てを含む基底課題を選択する。また、ふかつ課題に、何らかの認知的要素を付け加えたり差し引いたりすることで、さらに発展できる。各課題で加えられた知的要素に関係した脳部位が差分を繰り返すことで明らかとなるが、その前提として、(i)検出される脳活動が加えた認知的要素により引き起こされたものであること,(ii)基底状態で存在した脳活動の要素がふかつ状態でも変化しないものであることを仮定している。